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La decoración de la techumbre está organizada de acuerdo a los tramos, que se dividen por arcos, en los cuales se escribieron los versos del padre Alfaro relativos a las escenas pintadas en cada una de las bóvedas. Éstas son de forma tal que dejan cuatro espacios triangulares demarcados por las respectivas aristas. Dos de ellos, de base mayor que la altura, se corresponden con los lados oriente-poniente, mientras que otros dos, de base menor, están ubicados en sentido norte-sur. Cada fragmento triangular está ocupado por una representación, alegoría relativa a la pasión de Cristo. Su proporción determina un sistema de estructura compositiva triangular y ascendente, con su base en cada uno de los puntos cardinales.

Primer tramo*

Fragmento poniente, se inicia con una escena del encuentro de Jesús con María, su madre, de quien recibe la bendición, entiéndase que antes de la Pasión.

En el fragmento norte, se representa la escaramuza que promovió San Pedro en defensa de Cristo contra los aprehensores.

Fragmento muro sur se encuentra el ingreso a la capilla de Belén y un retrato de Carlos III, rey de España, como personificación de Europa; aparece sosteniendo un cetro en la mano derecha y la corona en la izquierda.

Fragento muro oriente frente a Carlos III-personificación de Europa- se encuentra un indígena también con una corona en la mano izquierda, pero sin cetro.

Segundo tramo*

Fragmento sur y poniente, el paisaje en el que Jesús es arrestado en el torrente Cedrón.

Fragmento oriente, en donde después de que se apoderaron de Jesús (Mateo 25:56) Todos los discípulos le abandonaron y huyeron.

Fragmento norte, Se representan tres escenas en sentido ascensional: en la inferior se ve a judas, montado por un diablillo, tratando de devolver el dinero a la traición; en la parte media se ve a Cristo, ya preso y conducido a juicio; arriba, en la lejanía, esta Judas, pendiendo de un árbol.

Parte central de la bóveda está ocupada por un relieve dividió en seis pétalos.

Tercer tramo*

• La bóveda no fue dividida en cuatro segmentos, aquí se unieron las partes oriente y poniente en una sola alegoría del cuerpo místico de Cristo y la Eucarística, mientras los fragmentos norte y sur están ocupados por escenas del Antiguo Testamento.

Cuarto tramo*

Fragmento poniente, Jesús está representado en la casa del pontífice Caifás.

Fragmentos laterales, Se representa el balcón del procurador romano Pilato.

Fragmento sur, representa a Pilato mostrando a Jesús y a Barrabás para que los sacerdotes y el pueblo elijan a quien había de liberarse como gracia por las fiestas de Pascua.

Fragmento oriente flagelación de Cristo, que atado a una Columba alta aparece de pie, erguido, recibiendo los azotes de varios verdugos que despliegan movimientos amplios de brazos y piernas.

Quinto tramo*

Fragmento poniente, representa imágenes, de los textos de Mateo, Marcos y Juan referentes a Jesús, escarnecido por los soldados.

Fragmento sur muestra a Cristo en el momento en que Pilato exhibe a jesus ante el pueblo.

Fragmento norte, representa el balcón de la casa de Pilato, donde ante la insistencia de los sacerdotes y el pueblo, que exigían la muerte de Jesús se lava las manos delate de la muchedumbre, diciendo “Yo soy inocente de esta sangre; vosotros veáis“, y todo el pueblo contestó diciendo “Caiga su sangre sobre nosotros y sobre nuestros hijos”.

Fragmento oriente, Cristo recibiendo la cruz.

Sexto tramo*

• Fragmento oriente muestra a Jesús por tierra, arrodillado, mientras Simón Cirineo carga la cruz, seguido por una gran muchedumbre del pueblo y de mujeres, que se herían y lamentaban por Él.

• Fragmentos norte y sur se refiere a las caídas que sufrió Jesús; se representa las tres Marías.

• Los muros laterales de este tramo dan acceso a la capilla de la Purísima en el lado norte y a la del Rosario en el sur.

Séptimo tramo*

• Fragmentos norte y sur se destinaron al pasaje en el que Jesús es despojado de sus vestiduras y al de la erección de la cruz.

• Fragmento poniente se encuentran las cruces de Jesús, Dimas y Gestas, varias personas de pie, entre ellas María y el apóstol Juan.